Buongiorno,
ho iniziato ad usare python da pochissimo e vorrei realizzare un heatmap che metta in relazione i miei genotipi con i dati quantitativi dei metaboliti. Tuttavia quello che riesco ad ottenere è una heatmap di correlazione (suppongo Pearson's corr) tra i soli metaboliti e quindi non è quello che voglio.




I passaggi che ho eseguito sono




importare pandas come pd

importare seaborn come sns




importare il mio file di input dati Data = pd.read_csv('nome file.txt', sep="\t")





Data.columns Per indicizzare le colonne

Data.dtypes





Poi uso




sns.heatmap(Data.corr(), annot=None, linewidth=0.5, cmap='ocean')




oppure




sns.clustermap(Data.corr(), z_score=1)




Ma non ottengo quello che voglio.




Il mio file input è organizzato nel seguente modo

In Colonna 1 ci sono i Genotipi

Da Colonna 2 a Colonna 34 ci sono metaboliti

La prima Riga sono le etichette delle colonne




Esempio





Genotipi C00183 C00041 ...

0 Genotipo1 T1 R1 0.001029 0.000648 ...

1 Genotipo1 T1 R2 0.000823 0.000270 ...

2 Genotipo1 T1 R3 0.000617 0.001105 ...

3 Genotipo2 T1 R1 0.001388 0.002386 ...

4 Genotipo2 T1 R2 0.000838 0.001811 ...

5 Genotipo2 T1 R3 0.001937 0.002961 ...





Grazie a tutti